基礎醫學院前身為醫療系、基礎醫學部，始建于1952年，1996年底天津醫學院基礎醫學部與原第二醫學院臨床醫學系合并后更名為基礎醫學院。學院現設有9個學系，6個教研室，1個基礎醫學實驗教學中心。現有教職工381人，專任教師282人，其中教授87名，副教授88名。博士生導師69名，碩士生導師123名。現有全日制研究生493人（博士研究生170人，碩士研究生323人），七年制11人，以同等學力申請碩士學位人員66人，本科生1463人（臨床醫學“5+3”751人， 基礎醫學99人，臨床醫學五年制457人，麻醉學156人）。

學院立足國家和天津市“雙一流”建設戰略，作為主要承擔單位參與國家層面一流學科建設，形成了結構優化、方向凝練、重點突出的學科體系群。

天津市一流學科：基礎醫學

天津市特色學科（群）:心血管和代謝性疾病的基礎與臨床

天津市高等學校第五期重點建設學科：生物學、免疫學、病理學與病理生理學

天津醫科大學一流學科：心血管和代謝性疾病的基礎與臨床、疾病的免疫與表觀遺傳學

天津醫科大學特色學科：醫學遺傳學

天津醫科大學基本保障學科：人體解剖學與組織胚胎學

省部級重點實驗室：免疫微環境與疾病教育部重點實驗室、天津市細胞與分子免疫學重點實驗室、天津市醫學表觀遺傳學重點實驗室、天津市炎癥生物學重點實驗室、天津市細胞穩態與重大疾病重點實驗室。